Autarquia federal ligada ao Ministério da Saúde. Herdeira dos Instituto Soroterápico Federal, Instituto de Patologia Experimental de Manguinhos, Instituto Oswaldo Cruz. A Fundação Oswaldo Cruz tem 21 unidades técnico-científicas: Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos); Centro de Criação de Animais de Laboratório (CECAL); Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT); Casa de Oswaldo Cruz (COC); Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca (ENSP) - ver mais em Portal ENSP; Escola Politécnica de Saúde Joaquim Venâncio (EPSJV); Instituto de Tecnologia em Fármacos (Farmanguinhos); Instituto Fernandes Figueira (IFF); Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas (INI); Instituto Nacional de Controle e Qualidade em Saúde (INCQS); Instituto Oswaldo Cruz (IOC); Instituto Aggeu Magalhães (IAM) - Fiocruz Pernambuco; Instituto Gonçalo Moniz (IGM) - Fiocruz Bahia; Instituto Leônidas e Maria Deane (ILMD) - Fiocruz Amazônia; Instituto René Rachou (IRR) - Fiocruz Minas Gerais; Instituto Carlos Chagas (ICC) - Fiocruz Paraná; Gerência Regional de Brasília (Gereb) - Fiocruz Brasília; Escritório Técnico Fiocruz Mato Grosso do Sul; Escritório Técnico Fiocruz Rondônia; Escritório Técnico Fiocruz Ceará; Escritório Técnico Fiocruz Piauí; Escritório Internacional em Moçambique - Fiocruz África. Também existe mais 4 unidades administrativas todas ligadas a Presidência da Fiocruz: Diretoria de Administração do Campus (Dirac); Diretoria de Administração (Dirad); Diretoria de Recursos Humanos (Direh); Diretoria de Planejamento (Diplan).